История Чебоксарской пристани уходит в глубокую старину и насчитывает уже шесть веков. Она началась одновременно с историей города, в 1469 году. Официальный статус городская пристань получила в 1968 году: 28 октября приказом Министерства речного флота РСФСР пристани был присвоен статус речного порта.
Волжский речной путь был основной транспортной магистралью, связывавшей город с другими экономическими центрами страны. В книгах чебоксарского маклера за 1800-1840-е гг. зафиксировано более 50 судовладельцев Чебоксар.
В июне 1846 года к пристани причалил один из первых пароходов под названием «Волга», который следовал из Самары в Рыбинск. Установленная в металлическом корпусе судна паровая машина мощностью 250 лошадиных сил работала с таким шумом, что, когда пароход проходил мимо устья Цивиля, его было слышно в Чебоксарах.
Известный кораблестроитель Алексей Крылов в своей книге «Мои воспоминания» пишет: «В начале 1870-х годов на Волге работали пассажирские пароходы обществ «Самолет», «По Волге», «Кавказ и Меркурий»… Все пароходы были почти одинаковые, но особенно славились «самолетские».
В дореволюционное время в Чебоксарах насчитывалось семь пристаней: «Самолет», «Кавказ и Меркурий», «Русь», а также Кашинская, Савинская, Любимовская, Каменская. Однако после Октябрьской революции их количество сократилось. Иногда на плаву стоял один, в лучшем случае два-три дебаркадера. Негативно сказывалось на работе гавани частая смена руководства.
В 1930-е годы город ежедневно принимал по 10–12 пароходов. Тогда же у Чебоксарской пристани был плавучий речной вокзал, на котором находились буфет-ресторан, киоск, почта-телеграф, справочное бюро, каюта матери и ребенка.
В годы Великой Отечественной войны пристань принимала эвакуированных людей и оборудование, а также служила перевалочным центром. Большую роль выполняла в программе перевозок, особенно в дни героической обороны Сталинграда. По неофициальным данным, из Чебоксар под Сталинград перегнали 500 вёсельных и моторных лодок. Два катера речного флота столицы Чувашии «15 лет Чувашской АССР» и «ЦИК Чувашии» были мобилизованы на фронт и не вернулись со Сталинградской битвы.
Из блокадного Ленинграда было эвакуировано речным путем в Чебоксары более 100 детей из трех детских домов.
Речной флот в послевоенный период пополнился высокопроизводительными погрузо-разгрузочными механизмами. Пристань увеличила грузооборот за 5 лет в 8 раз, а перевозку пассажиров – в 20 раз.
Статус речного порта в составе Волжско-объединённого речного пароходства пристань получила в 1968 году. Уже тогда Чебоксарский речной порт был крупным поставщиком нерудных материалов. Песок, добытый со дна Волги, и переработанный гравий гавань поставляла в Чебоксарский домостроительный комбинат. Регион застраивался. К слову, коллектив чебоксарской гавани по объему переработки гравия среди всех крупных портов СССР занимал 6 место.
Предприятие пережило экономический кризис 90-х годов, когда многие организации просто разорились. К 2001 году у Чебоксарского речного порта было 19 единиц приписного флота - буксиры, баржи, вспомогательные суда, 13 единиц пассажирского транспорта — Омы или в просторечии «трамвайчики». За сезон порт пропускал до 700 тыс. пассажиров.
Новая страница истории речпорта связана с глобальным проектом реконструкции и благоустройства Чебоксарского залива. К 2006 году был построен уникальный речной комплекс зданий с 5 причалами для пассажирских судов.

Сегодня Чебоксарский речной порт – динамично развивающееся социально-значимое предприятие. В 2022-ом году Чебоксарский речной порт был признан лидером отрасли в России в номинации «Лучшая судоходная компания, осуществляющая пассажирские перевозки». Год назад в Чебоксарах пришвартовался скоростной теплоход «Метеор 120Р» - усовершенствованная версия самого массового не только в СССР, но и в мире, судна на подводных крыльях. Ходят по Волге и «Валдаи». В этом сезоне они совершили 504 рейса. Наибольшей популярностью пользовался маршрут до Казани: 332 выхода на Волгу, почти 13 тысяч пассажиров.
Ежегодно в порт заходят несколько сотен туристических судов. В этом сезоне гавань приняла 728 теплоходов, на которых находились почти 103 тысячи человек. По сравнению с прошлым навигационным периодом рост судозаходов составил 10%, пассажиропоток увеличился на 13%.
 В 2024 году Чебоксарский речной порт стал лауреатом столичной премии «Общественное признание» в номинации «На благо города и горожан». Обустроена пешеходная дорога, ведущая от причалов до «Города мастеров», построено транспортное кольцо и развязка с ландшафтным оформлением, появилась «литературная лестница», где каждая из 35 ступеней напоминает корешок книги знаменитых чувашских писателей.
«Сегодня Чебоксарский речпорт – один из самых современных водных вокзалов на Волге. Мы вносим свой вклад в развитие строительства и туристической отрасли Чувашии. Справляться со сложными задачами и достигать высоких результатов нам удаётся благодаря слаженной работе коллектива столичной гавани. Впереди еще много планов», - отметил генеральный директор Чебоксарского речного порта Ванифатий Шайкин.